Nel 1856 la Rheinfallbahn confluì nella Schweizerische Nordostbahn (NOB), che aprì all'esercizio la linea il 16 aprile 1857[3]. Nel 1897 aprì la ferrovia Eglisau-Neuhausen, che permetteva un collegamento più diretto tra Sciaffusa e Zurigo, relegando la linea ad un ambito locale.
La linea fu elettrificata l'11 aprile 1943[5] (la tratta Neuhausen-Sciaffusa, comune alla linea per Eglisau, era stata già elettrificata il 15 dicembre 1928[6]).
Il 1º settembre 1931 fu raddoppiata la tratta Sciaffusa-Neuhausen[7]; nel 1997 fu trasformata la stazione di Marthalen[8], mentre nel dicembre 2004 è stato raddoppiato il binario tra Henggart ed Hettlingen[9].
La linea, a scartamento normale, è lunga 29,93 km, è elettrificata a corrente alternata monofase con la tensione di 15.000 V alla frequenza di 16,7 Hz; la pendenza massima è del 10 per mille. È a doppio binario tra Henggart ed Hettlingen, tra Meder e Marthalen e tra Neuhausen e Sciaffusa[10].
^(FR) Voie et usines électriques, in Rapport de gestion et comptes des Chemins de fer fédéraux 1943, Berna, Ferrovie Federali Svizzere, p. 27.
^(FR) Voie et usines électriques, in Rapport de gestion et comptes des Chemins de fer fédéraux pour l'exercice de 1928, Berna, Ferrovie Federali Svizzere, p. 22.
^(FR) Service de la voie, in Rapport de gestion et comptes des Chemins de fer fédéraux pour l'exercice de 1931, Berna, Ferrovie Federali Svizzere, p. 24.