Il Kampioenschap van Vlaanderen 2003, ottantottesima edizione della corsa, si svolse il 19 settembre 2003 su un percorso di 182 km, con partenza da Kontich e arrivo a Koolskamp. Fu vinto dall'australiano Baden Cooke della FDJ davanti all'olandese Jans Koerts e al francese Robert Sassone.