La gara dei 50 metri stile libero maschili dei Giochi di Seul 1988 è stata disputata nella giornata del 24 settembre. Si sono svolti due turni: le batterie di qualificazione hanno dato accesso ai primi otto alla finale A e ai successivi otto alla finale B.
Gli atleti partecipanti sono stati in totale 71, in rappresentanza di 44 nazioni.