L'edizione 2006-2007 è stata la trentacinquesima edizione nella storia della Coppa Italia di calcio femminile. Il trofeo è stato vinto dal Bardolino, che pochi giorni prima aveva già vinto lo Scudetto, contro il Torino.
Le veronesi, dopo aver vinto per 3-1 la gara d'andata, hanno perso con il medesimo punteggio in quella di ritorno, per poi aggiudicarsi il trofeo ai tiri di rigore.
Il regolamento del torneo prevedeva l'iscrizione d'ufficio di tutte le squadre partecipanti ai campionati di Serie A, Serie A2 e Serie B, le quali furono divise preliminarmente in due gruppi, il primo riservate alle squadre dei due livelli maggiori del campionato italiano, il secondo alle rimanenti del terzo livello.
Nella prima fase vennero costituiti otto gironi formati o da quattro o da cinque squadre ciascuno, con accoppiamenti definiti su base geografica. Nei gironi da quattro squadre le gare si disputarono ad eliminazione diretta mentre in quelle da cinque con un girone di andata e ritorno, con attribuzione di 3 punti in caso di vittoria, 2 in caso di pareggio e nessun punto in caso di sconfitta, e in entrambe erano ammesse al turno successivo le prime classificate in ciascun girone.
In caso si fossero classificate due squadre a pari punteggio, si sarebbe provveduto a determinare il passaggio del turno in base a:
Nel primo turno le squadre sono state divise in due parti, una per le squadre di Serie A e di Serie A2 e una per le squadre di Serie B. Solamente le due squadre siciliane di Serie B, Marsala e S. Emidio, sono state inserite nel gruppo 8 delle squadre di Serie A e Serie A2 assieme alle altre squadre siciliane.
Ai quarti di finale accedono le quattro squadre vincenti i quarti di finale della parte relativa alle squadre di Serie A e di Serie A2 e quattro squadre della parte relativa alle squadre di Serie B.
^La Vigor Senigallia è stata esclusa dalla Coppa Italia perché la squadra si era rifiutata di scendere in campo contro l'Agliana - Vigor femminile: società esclusa dalla Coppa Italia, su viveresenigallia.it, 23 febbraio 2007. URL consultato il 7 gennaio 2018.