La stagione 2016 del campionato del mondo endurance è stata la quinta edizione del campionato organizzato congiuntamente dalla FIA e dall'ACO. La serie era aperta a Le Mans Prototypes e auto da corsa in stile Gran Turismo che soddisfacevano quattro categorie ACO. La stagione è iniziata sul circuito di Silverstone ad aprile e si è conclusa al circuito internazionale del Bahrain a novembre, e comprendeva l'84ª corsa della 24 Ore di Le Mans. Questa stagione è stata anche l'ultima stagione WEC per l'Audi Sport Team Joest che ha deciso di non correre nella stagione 2017 del campionato del mondo endurance.
L'ACO ha annunciato un calendario provvisorio durante la 6 Ore del Circuito delle Americhe 2015 nel settembre 2015. Il calendario mantiene gli otto round del 2015, ma aggiunge la 6 Ore di Città del Messico all'Autodromo Hermanos Rodríguez. Il campionato mondiale di auto sportive ha già visitato Città del Messico nel 1991. Il round del Nürburgring è stato spostato di un mese in avanti a luglio per colmare il divario dopo Le Mans.
Una sessione di test si è svolta prima dell'inizio della stagione sul Circuito Paul Ricard a marzo, mentre i test obbligatori per la 24 Ore di Le Mans si sono svolti nella prima settimana di giugno.
La FIA ha presentato il 5 febbraio un'iscrizione di 32 vetture per la stagione 2016, suddivise in quattro categorie: Le Mans Prototype 1 (LMP1) e 2 (LMP2) e Le Mans Grand Touring Endurance Professional (LMGTE Pro) e Amateur (LMGTE Am).
La FIA ha introdotto una serie di modifiche alle vetture LMP1 per il 2016 per ridurne la velocità. Ciò è dovuto al fatto che le auto del 2015 sono state significativamente più veloci del 2014 con la maggior parte dei record battuti nel 2015. Il ritmo di sviluppo dei propulsori ibridi ha portato a gareggiare con auto con oltre 1000 CV.
Il concorrente con il miglior piazzamento iscritto al World Endurance Championship è elencato di seguito. Le iscrizioni su invito potrebbero essere terminate prima dei concorrenti del WEC nelle gare individuali.
Khaled Al Qubaisi Patrick Long David Heinemeier Hansson
Le iscrizioni erano necessarie per completare la gara a tempo e per completare il 70% della distanza di gara complessiva dell'auto vincitrice per guadagnare punti campionato. Un unico punto bonus è stato assegnato alla squadra ea tutti i piloti della vettura della pole position per ciascuna categoria in qualifica. Per la 24 Ore di Le Mans, l'assegnazione dei punti ai risultati della gara è stata raddoppiata. Inoltre, una gara deve completare tre giri in condizioni di bandiera verde affinché i punti del campionato vengano assegnati.
Sono stati contestati due titoli di produttori, uno per LMP e uno per LMGTE. Il World Endurance Championship for Manufacturers è aperto solo alle iscrizioni dei produttori nella categoria LMP1, mentre la World Endurance Cup for GT Manufacturers consente la partecipazione di tutte le iscrizioni dei produttori registrati in LMGTE Pro e LMGTE Am. Le prime due auto classificate di ogni produttore guadagnano punti per il loro totale.