La Bruxelles-Ingooigem 1999, cinquantaduesima edizione della corsa, si svolse il 16 giugno su un percorso di 168 km, con partenza da Bruxelles e arrivo a Ingooigem. Fu vinta dal belga Wim Omloop della squadra Spar-RDM davanti ai connazionali Jurgen Vermeersch e Tom Stremersch.