Come da politica societaria la squadra è composta interamente da giocatori nati in una delle sette province di Euskal Herria o cresciuti calcisticamente nel vivaio di società basche.
Primera División: seppur con prestazioni altalenanti, la squadra si mantiene stabilmente nella parte centrale della classifica, concludendo il campionato al 13º posto.
Copa del Rey: finalista. I baschi nel loro cammino nella coppa nazionale affrontano ed eliminano nei sedicesimi di finale il Recreativo Huelva (2-0 ed 1-2 il doppio risultato), negli ottavi l'Osasuna (1-1 e 2-0), nei quarti lo Sporting Gijón (0-0 e 2-1) ed in semifinale il Siviglia (1-2 e 3-0). Perde tuttavia la finale contro il Barcelona per 1-4, riuscendo comunque a qualificarsi per l'UEFA Europa League 2009-2010 in virtù del fatto che i catalani hanno già guadagnato l'accesso alla UEFA Champions League 2009-2010.