Laterale dinamico, abile in entrambe le fasi[1], Santos cresce nel settore giovanile dell'Arsenal Sarandí, con cui debutta non ancora maggiorenne in prima squadra[2]. A metà della stagione 2007 si trasferisce al Boca Juniors; proprio degli xeneizes diventerà un giocatore simbolo, militandovi per 12 campionati e mezzo[3]. Nel gennaio del 2020 si trasferisce al Ribera Navarra[4] ma, dopo appena sei mesi, lascia la Spagna per accordarsi con la formazione italiana del C.M.B.[1].
^ab(ES) Entrevista a Andrés Santos, su futbolyderecho.com, 13 luglio 2020. URL consultato l'8 novembre 2021 (archiviato dall'url originale l'8 novembre 2021).