Nel periodo più difficile per l'Italia in guerra vennero organizzati solo tornei regionali, in quanto il calcio ufficiale era fermo, e la Pro Patria prese parte al "Torneo Benefico Lombardo", un torneo a dodici squadre, che i bustocchi conclusero con 18 punti a centro classifica, la manifestazione calcistica più importante in Lombardia, un torneo anomalo perché alcune squadre partecipanti si sono rinforzate con prestiti dalla massima serie.
Dopo il torneo Alta Italia del 1944 e la Coppa Meneghetti, il calcio in Italia non si ferma del tutto, né nei territori liberati dagli alleati, né in quelli sottoposti all'occupazione tedesca e alla RSI. Ovunque si combatte aspramente, ma sotto l'egida della Federazione (Direttorio 2. Zona) in Lombardia viene organizzato il Torneo Benefico Lombardo, disputato dal 31 dicembre 1944 e l'8 luglio 1945, termina quindi dopo l'armistizio. Oltre agli eventi bellici è un inverno dalle forti nevicate sulla Lombardia, ed inoltre il torneo è travagliato dai prematuri ritiri di Varese e Gallaratese poco oltre la metà del torneo. Per il girone di ritorno è necessario riformulare il calendario che risulterà più corto. Sarà il Como a laurearsi campione lombardo, la Pro Patria disputa un torneo onorevole terminando sesta con Milano e Legnano.
^Partita assegnata (2-0) a tavolino dal Giudice Sportivo. Sul campo la partita era stata sospesa al minuto 55' sul punteggio di (2-2) per indisciplina dei giocatori bustocchi.
calcio
Pro Patria
Carlo Rigotti
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Pavia
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Milano
Como
Legnano
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Meda
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Novara