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Lecce è la sede dell'Università del Salento, già Università di Lecce, su cui è imperniato l'intero sistema dell'università e ricerca del Salento.
I primi movimenti atti alla formazione dell'Università come la conosciamo oggi risalgono al XVIII secolo. Già in età medievale erano presenti diversi luoghi di istruzione, indicati nei documenti contemporanei come università, anche se differenti dall'accezione che ne diamo oggi.
L'università del Salento ha alcune succursali anche nella provincia di Brindisi. Di particolare interesse risulta il Parco Scientifico e Tecnologico Ionico-Salentino (PASTIS) presso Mesagne, compartecipato dall'Università del Salento, ove è presente uno dei costosi macchinari per la datazione di reperti archeologici col metodo del Carbonio-14.
Nel 1998 è stato attivato presso l'università del Salento l'Istituto Superiore Universitario di Formazione Interdisciplinare (ISUFI), una delle Scuole Superiori d'Italia, costruita sul modello della Scuola Normale di Pisa. La Scuola realizza programmi di alta formazione nell'ambito dei seguenti settori: Nanoscienze, e-Business Management, Giurisprudenza e Politica dell'area Euromediterranea, Beni Culturali. Anche grazie al traino duvuto all'ISUFI, dal 2000 l'ateneo salentino ha conosciuto una crescita senza precedenti, soprattutto nel ramo scientifico, che è uno tra i più avanzati ed efficienti d'Italia.
Altro importante ramo è quello archeologico: l'università del Salento, infatti, svolge numerose attività di scavo in tutta Italia, e in diversi ambiti: preistorico, classico e medievale. All'estero l'università effettua ancora oggi scavi in Ucraina, Turchia, Medio Oriente, Malta, Egitto.