Il Kampioenschap van Vlaanderen 1965, cinquantesima edizione della corsa, si svolse il 16 settembre 1965 su un percorso di 125 km, con partenza e arrivo a Koolskamp. Fu vinto dal danese Palle Lykke Jensen della Solo-Superia davanti ai belgi Arthur Decabooter e Gustaaf De Smet. Per la prima volta nella storia della competizione la vittoria non andò a un ciclista belga.